На лечение поступают дети со всеми гастроэнтерологическими заболеваниями: больные гастритами, гастродуоденитами, язвенной болезнью, воспалительными заболеваниями кишечника, нарушениями всасывания, хронической патологией желудочно-кишечного тракта, а также с эндокринологическими заболеваниями: сахарным диабетом, с заболеваниями щитовидной железы, надпочечников, ожирением, нарушением роста, полового развития.. Лечение проводится в соответствии с утвержденными стандартами и клиническими рекомендациями.
Ежегодно медицинскую помощь получают около 700 пациентов. Сегодня на первом месте по значимости - врожденные пороки сердца, заболевания миокарда, функциональная патология сердечно-сосудистой системы, артериальные гипертония и гипотония, нарушения сердечного ритма. Постоянными пациентами отделения являются дети с повышенным артериальным давлением. Внедрена методика суточного мониторирования артериального давления, она позволила не только улучшить диагностику, но и контролировать подбор медикаментозной терапии.
До 1989 года отделение существовало как гемато-нефрологическое на 20 коек гематологических и 10 нефрологических. Сейчас отделение рассчитано на 30 коек и функционирует как отделение онкогематологии.
Отделение было открыто в апреле 1971 года. Первым заведующим отделением стал В.И. Сахаров. С момента основания и до выхода на заслуженный отдых в отделении работали врачи Н.П. Журавлева, В.А. Никитин, Е.К. Иванов. В отделении развернуто 30 коек — в основном хирургического профиля. Ежегодно здесь проходят лечение более 1000 детей, выполняется около 2000 оперативных вмешательств.
Глазное отделение основано при больнице еще в 1898 году. Но в 1914 году оно было закрыто из-за призыва в армию первого врача-окулиста Н. И. Вишнякова.
Отделение открыто в апреле 1971 года. Первым заведующим отделением был Е.М. Путин. В разные годы отделение возглавляли Г.В. Кравченко, В.В.Титов, С.Р. Томс.Сотрудники отделения успешно решают вопросы уроандрологии детского возраста. Ведущим направлением является оперативная урология — вопросы диагностики и тактики лечения пороков развития мочевых путей у детей раннего возраста.
Ежегодно медицинскую помощь получают более 500 детей, страдающих заболеваниями нервной системы. Основное количество заболеваний составляют резидуально-органические поражения нервной системы вследствие перинатальной патологии (резидуальные энцефалопатии, детские церебральные параличи), эпилепсия, острые нейроинфекции — менингиты, энцефалиты, невриты, полинейропатии, наследственно-дегенеративные заболевания, последствия черепно-мозговых травм, опухоли.